審計署發現大量社福機構整筆撥款有虧損，更要「搵錢填氹」，當中 8 間已耗盡整筆撥款儲備，建議社署需要查明機構持續錄得整筆撥款營運虧損的原因，並要檢討整筆撥款制度，勞工及福利局局長表示，已責成社署成立工作小組檢討。
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在15–16 年度，有 31 間機構錄得整筆撥款營運虧損。 31 間機構當中，有 14 間於 13年度至15年度起，已連續 3 年出現虧損。14 間機構當中，有 8 間已耗盡整筆撥款儲備，即整筆撥款儲備和寄存帳戶結餘，並從非《津貼及服務協議》來源，例如自負盈虧活動的收入補貼營運資金。餘下 6 間機構在動用整筆撥款儲備抵銷整筆撥款虧損後，整筆撥款儲備仍未用罄。
審計署更發現，多間社福機構在披露機構高層人員的薪酬時，不按規定披露。在2003 年 3 月，行政署長發出《通函》，規定除非符合一項或以上豁免準則，例如受資助機構過去 4 年內，平均獲得政府資助，佔同期平均營運收入不足50%，否則每年必須檢討和披露最高級三層人員的薪酬。在 15–16 年度 165 間獲得整筆撥款津助的機構當中，有四成共66間不獲豁免遵守披露規定。
審計署發現，社署延遲了六年才去實施披露規定，實施披露日期理應是 2003 年 4 月 1 日，但社署至 2009–10 年度才實施，當中並沒有書面證據顯示，勞福局曾經批准延遲實施；當至今年 7月，行政署長通知社署，其現行檢討和披露機構最高級三層人員薪酬的做法，有別於《通函》的原意。
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審計署建議，社署需要查明機構持續錄得整筆撥款營運虧損的原因，就可能影響財政平衡的問題，不斷檢視虧損機構情況，確保機構順利為公眾提供《協議》 規定服務，又認為需要有更多機構，須披露高層人員薪酬。社署應要與勞福局進行下次年度檢討磋商。
審計署又建議，社署應要檢討整筆撥款制度，採取措施，以防整筆撥款獨立處理投訴委員會處理投訴時，有潛在利益衝突，應協助各機構精算、研究、取意見。勞工及福利局局長表示，已責成社署成立工作小組，就改善整筆撥款津助制度進行檢討。
