鍾士元對本港醫療及教育發展有重大貢獻。
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鍾士元除了在政壇上叱咤風雲，亦先後籌辦理大、城大、科大及醫管局，對本港醫療及教育發展作出重大貢獻。科大校長史維形容，鍾士元三十年前已預視有成立科大的需要，讚揚他高瞻遠矚，貢獻永留青史。惟科大建校時被指預算超支，鍾士元在《回憶錄》反駁有關說法是誤導，強調所用的一分一毫，均是為了有志的大學生。醫管局主席梁智仁指，鍾士元成功將各醫院管理權交予醫管局，奠定現代香港公營醫療系統。
鍾士元一生擔任多項重要職位，其中對推動醫療及高等教育發展不遺餘力，包括籌辦香港理工大學、香港城市大學、香港科技大學三所學府，並曾出任三所院校的校董會主席。科技大學校長史維指，鍾士元三十年前香港面對前景未明之際，但已預視有需要成立科大，貢獻將永留青史，形容他是「高瞻遠矚和充滿決心的偉人。」
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惟科大建校時曾被指超支，鍾士元在《回憶錄》強調，當年核數署長批評科大超支是一個誤導的說法，指初步估計的建造費用並非正式的預算，卻被當年立法局部分議員大做文章，作為攻擊政府的口實，「科大因此無端沾上超支之名，實屬不幸，亦非始料所及。」他指科大建校所用的一分一毫，都是為了有志的大學生，讓香港的年輕人能夠享用有世界水準的一流學府。
醫療方面，鍾士元一九八八年擔任臨時醫院管理局主席，負責研究成立以法定機構模式運作的醫管局，其後在一九九○年成立後更肩任首任主席。鍾士元在任職期間，醫管局成功分別與十五間補助團體訂立協議，將各醫院管理權交予醫管局。
醫管局主席梁智仁指，鍾士元對香港的公營醫療發展鞠躬盡瘁，貢獻良多，形容他「熱愛香港，奠定現代香港公營醫療系統，功不可沒，足以垂範。」梁智仁憶述，在醫管局成立之初有幸與鍾士元共事，對鍾的果斷、敏銳的洞察力及對工作的熱誠深感欽佩。