人民解放軍的政治委員制度是從蘇聯紅軍借鑒而來，最早實行的制度是：當軍政主官意見不一致時，由政治主官最後拍板，也就是政治主官有一切行動的最後決定之權。紅軍時期，曾有兩次明文規定這一制度。
1930年，紅軍總部頒佈《中國工農紅軍政治工作暫行條例草案》，明確規定：政治委員在與同級軍事指揮員有爭持時，政治委員有停止軍事指揮員命令之權，但必須立刻將爭持的詳細情形報告上級機關：在未得上級指示以前，須依照政治委員的意見執行，同時軍事指揮員有向上級申訴之權。
1933年11月，中革軍委又頒佈了《中國工農紅軍政治委員工作暫行條例》，規定「政治委員在與同級軍事指揮員有爭持時，政治委員有停止軍事指揮員命令之權，但必須立刻將爭持的詳細情形報告上級機關：在未得上級機關指示以前，軍事指揮員必須依照政治委員的意見執行，同時軍事指揮員有向上級申訴之權。」
以井岡山和中央革命根據地為例，因為這一制度，紅四軍或紅一方面軍最高軍政首長毛澤東和朱德，在軍事行動中，最後拍板和決定權屬於政委、前委書記毛澤東。也就是完全可以說，毛澤東指揮了紅四軍或紅一方面軍的作戰行動，紅軍作戰的戰績，他也當之無愧可以領首功。
但在多年作戰實踐中，多數知識分子出身的政委不熟悉軍事，也沒有毛澤東這種軍事上的天賦，最後決定權往往導致了許多戰役、戰鬥不應有的失利。1938年12月，經毛澤東和中央軍委批准，八路軍總部頒佈了新的《政治委員暫行條例》，規定：「軍事行政和作戰指揮上軍事指揮員負更重大的責任，但在軍事指揮員有違犯了黨的路線或不執行上級命令情況時政治委員有停止軍事指揮員命令之權。」
這一規定，強調了軍事行動和作戰指揮上，軍事指揮員比政委有更大的責任，也就是一定程度上擴大了權力，但政委仍有最後決定權。
1942年，八路軍部隊因「政委最後決定權」而發生了一次慘痛的失敗。
這年5月，日軍大規模「掃蕩」冀中根據地，根據地損失慘重，大片地盤淪喪，八路軍主力不得不暫時跳到外線。這期間，冀中軍區八分區司令員常德善和政委王遠音帶一個營返回河間、肅寧一帶，準備重新開闢根據地，但很快偵察到日軍可能會對這裏發起合圍。
司令員常德善參加過長征，紅軍時期是賀龍紅二軍團所屬的紅6師參謀長，作戰經驗豐富，看出了處境危險，當即主張連夜轉移，甩掉日軍。但27歲的政委王遠音出身知識分子，曾是「一二九」學生運動的骨幹。他看到這裏的老百姓熱烈歡迎八路軍歸來的情景，心裏很高興，說剛來就走，“不好向群眾交待”，決定再堅持一下。
常德善烈士
兩個人爭論不下，一個大半夜過去後，常德善只得尊重政委的最後決定權，同意留在這一帶。隨後，部隊遭到大批日軍的重重合圍，激戰之後幾乎全軍覆沒，常德善也身中27彈而犧牲，政委王遠音則舉槍自盡。其他犧牲幹部還有30團政委汪威、30團副團長肖治國、總支書記沈笑天、23團2營營長邱福和等人。
中央軍委聞報後十分震驚，事後經過調查、分析，發現是因政委最後決定權而導致的慘敗。
中央軍委和毛澤東，報告「此次失敗，（葉）挺應負全責，實因處事失彼，指揮失當所致。但政委制之缺點實亦一因」。
鑒於此，中央軍委和毛澤東於1942年9月1日慎重作出決定：改變部隊中政委最後決定權的規定，在戰爭中的軍事行動，統一由部隊軍事首長最後決定。
這年10月，中央軍委又對《政治委員暫行條例》正式加以修改，明確規定：「政治委員在與同級軍事指揮員有爭執時，除屬於作戰方面的行動由軍事指揮員決定之外，其他由政治委員作最後決定，但均須同時報告上級軍政首長。」
從此時起，軍事行動和指揮上的決定權轉到了軍事指揮員手中，政委則失去了軍事方面的「最後決定權」，只保留了政治上的決定權。同時，政委通常在黨委會中擔任書記（或前委書記），掌握各級幹部的組織任命權力，以保持黨對軍隊的絕對領導。這以後，部隊的政委、前委書記職責，與紅軍時期的職責已完全不同。
比如根據目前的《中國人民解放軍政治工作條例》（2003）規定：政治委員與軍事主官在原則問題上不能取得一致意見時，「應當提交黨的委員會討論決定，或請示上級解決；緊急情況下，屬於軍事工作方面的問題由軍事主官決定，屬於政治工作方面的問題由政治委員決定，但都必須對黨的委員會和上級負責，事後報告，接受檢查。」這也就是說，在臨戰狀態下軍事行動和指揮上的決定權是在軍事主官手中的，政委在這方面沒有「最後決定權」。
現代秘史
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