湖北省武漢市發生不明原因肺炎疫情後，我委立即派出國家工作組和專家組趕赴武漢，按照屬地管理原則，與湖北省、武漢市共同研究落實疫情防控措施。2020年1月1日，我委成立由馬曉偉主任為組長的疫情應對處置領導小組，會商分析疫情發展變化，研究部署防控策略措施，及時指導、支持湖北省和武漢市開展病例救治、疫情防控和應急處置等工作。
視電話會議，對全國疫情防控工作進行全面部署。印發病例診療、防控方案（涵蓋監測、流調、密切接觸者管理、實驗室檢測等內容），在全國建立了「日報告、零報告」制度。下發新型冠狀病毒核酸檢測試劑盒，要求各地加強檢測，全力救治患者，及時發佈確診病例及疫情防控信息。全國愛衛辦部署開展以加強市場環境衛生整治工作為主題的冬春季愛國衛生運動。近日，我委陸續向全國各省派出工作組，指導做好疫情防控相關工作。同時，加強國際合作與交流，與世界衛生組織、我國港澳台地區和有關國家及時通報疫情信息和防控工作進展，第一時間向世界衛生組織共享新型冠狀病毒基因序列，疫情應對處置工作得到了世界衛生組織的充分肯定。
專家研判認為，當前疫情仍可防可控。但新型冠狀病毒傳染來源尚未找到，疫情傳播途徑尚未完全掌握，病毒變異仍需嚴密監控。
下一步，我委將加強部門協調聯動，嚴格落實疫情防擴散措施。繼續做好全國疫情防控工作，及時發現並有效處置疫情。組織開展好愛國衛生運動，加大環境衛生整治力度。繼續加強病毒溯源和變異監測工作，做好應對疫情變化的技術準備。我委將加強春節期間值班值守，密切關注疫情防控形勢發展變化，指導各地落實防控措施。
