9月20日，中共中央政治局委員、國務院副總理孫春蘭在福建漳州、廈門調研時指出，福建疫情防控正處於膠著對壘狀態，雖已取得階段性成果，但仍存在不確定性，不能盲目樂觀，更不能掉以輕心。
據國家衛健委通報，9月20日0-24時，31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告新增確診病例72例。其中境外輸入病例30例（雲南12例，上海6例，江蘇3例，廣東3例，黑龍江2例，浙江2例，福建2例），含4例由無癥狀感染者轉為確診病例（浙江2例，福建1例，廣東1例）；本土病例42例（均在福建，其中廈門市36例、莆田市5例、泉州市1例）。無新增死亡病例。新增疑似病例2例，均為境外輸入病例（均在上海）。
自9月10日以來，福建省累計報告本土確診病例405例，目前住院405例，無死亡病例；現有本土無癥狀感染者尚在接受集中隔離醫學觀察3例。
福建健康碼有新變化
21日起，福建健康碼將不再設置「橙碼」。原有福建健康碼「橙碼」狀態，將細分為“紅碼”和“黃碼”。健康碼按風險從高到低依次為：“紅碼”、“黃碼”、“綠碼”。
19日，福建福州三坊七巷景區入口，民眾掃碼登記後，通過測溫通道進入景區參觀。
福建莆田
莆田市仙游縣郊尾鎮全鎮劃為封控區
20日，仙游縣應對新型冠狀病毒感染肺炎疫情工作指揮部發佈通告：在原先劃定封控區基礎上，新增劃定郊尾鎮全鎮區域為封控區，區域內所有居民一律居家隔離，所有店鋪一律關閉，所有物資一律實行集中配送；所有外來車輛（除公務、必要生活物資、醫療、應急等外）一律禁止進入。
20日，莆田市仙游縣城區已經實行閉環管理的社區外景。
莆田新增2處中風險地區
20日，莆田市應對新型冠狀病毒感染肺炎疫情工作指揮部發佈通告，將下列地區調整為中風險地區：秀嶼區笏石鎮笏西路以東，北埔路以西，興秀路以南，大營路以北的區域內；秀嶼區以笏石鎮陽光幼兒園為中心，南至大眾路，北至70米外無名路，西至荔港大道，東至160米外無名路範圍內。
福建泉州
泉州新增1例確診系9歲學生
9月20日0時至24時，泉州市新增新冠肺炎確診病例1例（廈門市報告現住安溪1例，為廈門關聯病例）。
新增病例為一名9歲男孩，肖某某，現住安溪縣龍涓鄉長新村上林，系肖某孫子，龍涓長林小學學生。9月1日至12日上學期間均住宿學校上學，其他時間均在家中，偶爾在家附近活動，未出遠門。13日上午返校上課，未外出。14日上午學校組織校內師生進行核酸採集，14日下午返回家中。15日至18日在家，未出遠門。
泉州新增2處中風險地區
20日，泉州市防控新型冠狀病毒感染的肺炎疫情應急指揮部辦公室發佈通告，將下列地區調整為中風險地區：晉江市陳埭鎮蘇厝村部分區域（和平北路145-149號、213號、230-232號）；安溪縣龍涓鄉長新村。
泉州安溪各餐飲單位取消堂食
20日，安溪縣新型冠狀病毒感染的肺炎疫情應急指揮部發佈通告：各餐飲單位（包括酒樓、酒店、餐館、食堂、咖啡店、飲品店、小吃店等）取消堂食；一律禁止街邊燒烤、大排檔等夜市餐飲經營活動。
