經過十年前的直資審計風波，教育局加強直資學校的財務管理、管治及內部監控。有資深直資中學校長坦言，直資學校獲公帑津貼與學費收入，每年處理金額近一億元「上落很大」，故財務管理設有制衡機制，避免任意動用學校資源，經手人倘有偏差，在現行的稽查機制下，亦會無所遁形。
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現時直資學校在財務管理、管治及內部監控、學費減免及獎學金計畫，以及人員培訓，均有一系列嚴格規管要求，包括要求學校把累積盈餘，劃分為營運儲備，以及四類特定用途儲備，學校亦須設管治檢討小組委員會，定期進行內部稽查。有資深直資中學校長指，以往個別直資學校管理過於鬆散，「以前聽說有校監簽好一本支票簿，就算限制校長每張只能開一萬元，以不同名目開票，也能開出五十萬元，其實很危險」。
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他指，現時直資學校的財政管理，多採取制衡機制，比如簽發支票與付款等，需要兩名校董簽署作實。以安排教職員北上洽商為例，開支均須以實報實銷，「若然沒有單據，會計肯定不給報帳」。他坦言，直資學校獲公帑津貼與學費收入，每年處理金額近一億元，七至八成用於支付工資，其餘則是日常營運，尤其維修、保養、採購物資等「最易出事」，一直是當局防貪機制的關鍵，加上行政與財政規管機制嚴格，制度已經行之有效，「雖然家賊難防，但無論內部稽查，抑或教育局定期抽查，一看單據就知誰手腳不乾淨，稍有差池，也能無所遁形。」
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以往直資學校多次被揭財政亂象，〇九年基督教臻美黃乾亨小學暨初中學校被揭帳戶不清，校監梁淑貞最終更欺詐罪成而鋃鐺入獄；翌年審計署報告批評直資學校，包括動用儲備買樓、投資股票、挪用賑災捐款等亂象，引起全城嘩然。教育局其後成立工作小組，檢視直資學校的管治及行政系統，在一一年起逐步實施改善措施。
教育局對於直資學校的財務管理、管治及內部監控都有嚴格要求。
