自蛇口被納入廣東自貿區後，深圳灣口岸旅客流量較原設計成倍數增長，口岸日均流量達11萬人次，社會上對深圳灣口岸推行24小時通關的呼聲亦越來越高。不過，深圳口岸辦表示，經深港雙方協商，暫時仍按現行通關時間執行。
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根據國務院關於深圳灣口岸對外開放的批復，深圳灣口岸應實行24小時通關。而口岸開通初期，受通關客流、車流量的影響，經深港雙方商定，通關時間暫定為早上6時半至凌晨0時，每日共17.5小時。而近年深圳灣口岸日平均流量達11萬人次，遠超於當初設計的6萬人次。
不過，市口岸辦表示，深圳灣口岸於晚上10時半至凌晨0時，旅客通行量已降至約2000人次，車輛通行量約為500輛次，口岸通關率已大幅下降。
市口岸辦亦專門與港方口岸召開工作會議，港方表示，香港本地居民或旅客對延長深圳灣口岸通關時間的需求不大，於少部分有凌晨後通關需求的旅客，可選擇皇崗口岸通行。
市口岸辦表示，考慮到過關人流和貨流的需要，經深港雙方協商，暫時仍按現行通關時間執行。但是，目前正全力為24小時通關做好准備。