西接福田紅樹林生態公園，北接福田紅樹林保護區，南臨米埔和后海灣國際重要濕地，深圳河入海口紅樹林濕地是否健康影響著周邊整個生態的環境。就在10月29日，深圳市林業局發佈關於開展深圳河入海口紅樹林濕地生態修復項目的公示。
由紅樹林基金會編寫的《深圳河入海口濕地生態修復方案》披露，深圳河入海口濕地於2000年前為原生灘涂，自上世紀90年代始，應紅樹林恢復和重建的需求，海桑屬植物，尤其是海桑與無瓣海桑，作為速生造林樹種被廣泛引種到深圳灣。
作為深圳灣的外來物種，海桑與無瓣海桑兩種植物均從海南東寨港引入，其中無瓣海桑原產於孟加拉的申達本，引至深圳灣的種源為二代無瓣海桑；而海桑則天然分佈於我國海南省文玉昌清瀾港以南，人工引種至瓊山東寨港。
引種後，海桑屬植物群落的結構、生長和對生物多樣性的影響備受關注。由於海桑屬植物本身具有適應能力強、繁殖速度快、生長速度快等特點，自2001年起，開始有擴散記錄。香港從2006年開始，每年清理約一萬株海桑屬植物幼苗。
海桑屬植物除向深圳灣灘涂擴散外，已呈現出往深圳河、新洲河以及新洲河故道沿河道兩側擴張的趨勢。河道兩側生長紅樹植物，容易引起灘地淤積，從而減少河道過水麵積進而影響河道行洪。這給河道上游帶來較大的防洪壓力。
深圳灣（后海灣）是深圳和香港兩地之間一塊具有國際重要意義的濱海濕地，是東亞-澳大利西亞遷飛區舉足輕重的鳥類棲息地。深圳河口嵌在福田保護區、福田紅樹林生態公園和香港米埔保護區之間，是兩個保護區以及生態公園之間的重要生態廊道。
根據深圳觀鳥會2006-2020年調查，項目所在地原有光灘棲息覓食候鳥以鴨類和鴴鷸類為主，2006-2011年，每年單次調查記錄最大鳥類數量均超過16000隻，並在2011年2月達到最大值33152隻。根據衛星圖，2011年-2020年項目區域海桑及無瓣海桑擴散明顯，區域鳥類調查數量也呈現逐年下降趨勢，到2016年，項目區域單次水鳥調查最大數量減少至不到5000隻。除調查視野被高大海桑屬植被遮擋外，這可能與海桑、無瓣海桑自由擴散，侵佔、壓縮了候鳥棲息地有關。
為了深圳河、新洲河的河道防洪安全以及深圳灣（包括深圳和香港兩側）的生態安全，需控制海桑屬植物的持續擴散，恢複本土紅樹，恢復冬季候鳥的休憩、覓食空間。
2018年前，深圳河入海口處共有海桑屬植物約18.08公頃，其中分佈於福田紅樹林生態公園的5公頃分別於2018年、2019年全面更替，恢複本土紅樹5公頃。現深圳河入海口還有約13.08公頃，包括海桑10.78公頃和無瓣海桑2.3公頃。此次擬對項目所在地自由擴散的海桑屬植物進行全面治理，恢復裸灘3.08公頃，自然恢復紅樹林10公頃，異地恢復紅樹林3.08公頃。
深圳市林業局表示，2020年9月25日受理了深圳市紅樹林濕地保護基金會申報的深圳河入海口紅樹林濕地生態修復項目申請。項目一期涉及改造提升紅樹林4.3公頃。針對該申請事項，深圳市林業局已於2020年10月13日召開專家諮詢會，專家組一致同意深圳河入海口紅樹林濕地生態修復方案，在保證全市紅樹林面積不減少的前提下，對項目一期深圳河口4.3公頃海桑屬紅樹林更新改造，提升濕地生態價值。
紅樹林基金會在治理方法中寫到，本土紅樹的恢復，以自然恢復為主，人工恢復為輔。項目所在地現有約3.08公頃的海桑林位於河口三角洲區域，該區域2000年以前均為裸灘，且現狀林下僅有少量老鼠簕，故擬不在原地進行紅樹林修復，以維持其裸灘狀態。林下或林緣現有的少量秋茄、桐花樹等鄉土紅樹苗予以保留，後期需維護，清除新生小苗，防止其面積繼續擴散。
位於福田紅樹林自然保護區南緣的海桑、無瓣海桑林林下有老鼠簕，桐花樹等鄉土紅樹樹種。海桑屬植物清理後，鄉土紅樹植物可得到更多陽光和其他資源，因此可由其自然恢復。預計自然恢復面積約為10公頃。
此外，為保證深圳市紅樹林總體面積不減少，紅樹林基金會提出，擬與相關部門溝通，在深圳市其他區域紅樹宜林地異地恢復紅樹林3.08公頃。
