7月20日上午，南京市江寧區新冠肺炎疫情防控指揮部接到祿口國際機場防疫專班報告，在祿口國際機場工作人員定期核酸檢測樣品中，有檢測結果呈陽性。當天下午6點，重新採樣的檢測結果發現，9份結果呈陽性，其中，8位是機場保潔人員，1位是客艙保潔人員。
南京市江寧區開展全員核酸檢測。
截至7月22日13時，南京市共診斷13例確診病例（其中7個輕型、6個普通型），另有9例無症狀感染者，目前所有確診病例都在南京市公共衛生醫療中心進行隔離治療。
南京市衛健委主任方中友在7月21日的新聞發佈會上表示，截至當天確診的陽性患者均為機場保潔人員，感染源頭仍在追查。由於這些人主要是在機場、航班上從事保潔工作，境外病例關聯引起感染的可能性較大，但最終還要根據溯源、測序和流調結果確定源頭。
據《中國新聞週刊》報道，一位公共衛生專家話，這次疫情的規模現在還不好判斷，但突然發現這麼多病例，證明病毒已經隱匿傳播了有一段時間了，「規模應該不會太小」。
南京祿口國際機場為江蘇省規模最大的機場，2020年吞吐量2000萬人次，處理貨物39萬噸，位居全國12位。同時，該機場還是中國主要幹線機場之一，是華東地區的主要客貨運機場，擁有135條國內航線和23條國際航線，通達國內外115個航點。
南京這一輪疫情最初報告的9份陽性樣本，是在祿口國際機場工作人員例行定期核酸檢測中發現的，祿口機場所屬的東部機場集團原本是一周進行一次核酸檢測。根據官方通報的9名感染者軌跡信息，9人均從事保潔工作，其中一名44歲無症狀感染者從事客艙保潔工作，另外8名均從事祿口機場保潔工作。
香港大學生物醫學學院教授、病毒學家金冬雁表示，目前的情況看來，這是一次聚集性的感染，因為他們都是保潔工人。他推測，感染有兩種可能的途徑，一是他們都同時接觸了攜帶病毒的物件，另一種是一個人感染後傳給了其他人。後一種情況的可能性更大一些，但是不知道到底是由一班飛機造成的，還是多個航班引發。
也就是說，傳染鏈條可能是由「物傳人」或是「人傳人」，但這需要更多的流調信息來確定。他說，當地也應該盡快弄清楚這個問題，不要成為「無頭公案」。如果不知道是從哪班飛機接觸的感染源，傳染源是何人或者何物，那麼源頭有可能已經進入社區。
國內一位公共衛生專家話，目前應該可以確定，病毒依然來自境外，顯然還是入境人員或物品的閉環管理上出了問題。而現在最大的擔心在於重點人群感染後，病毒是否已經被傳向一般人群，或者發生了社區傳播。
從流調信息來看，病例最早活動時間可追溯到7月6日，而且有無症狀感染者還曾去過南京市中心的鼓樓醫院。這也正是在發現疫情後，南京為什麼沒有進行精准防控，而是一上來就開展全民核酸檢測的原因。為了弄清病毒是否已經在人群中大規模傳播，要摸清病毒的「底牌」。他說，估計全民核酸檢測不會只做一輪，要做好幾輪。7月21日上午，南京鼓樓醫院發佈通告，鼓樓醫院門診部暫停開診。
不過，在金冬雁看來，好在這次疫情是在主動檢測中發現的，可見機場的定期檢測和檢測系統還是有效。但也還是有可以改進之處，比如，是否可以在出現兩三個人感染時就發現疫情。
7月21日晚，東部機場集團公司召開會議，宣佈新的措施，包括接下來加密對關鍵崗位員工核酸檢測頻次，從每週一檢改為三天一檢；對保潔、貨運保障人員，實行國際國內有效分開、專班管理；嚴格規範做好廢棄物處置，不留死角、不留隱患等等。
一位機場航司員工說，7月20日晚上，公司夜裡12點通知她與家人，包括從行政辦公室到一線的空勤和地勤人員，全員回公司做核酸檢測，之後居家等待結果，往返不能乘坐公共交通，只能是私家車或者公司班車接送。機場所在的南京市江寧區祿口街道的機場員工居住的小區已經實行封閉管理。
大批醫護人員到達南京市江寧區，協助開展全員核酸檢測。
疫情發生後，祿口街道14萬多居民連夜接受了核酸檢測。7月21日9時起，江寧區也已開展全員核酸檢測，到21日24時，該區已經完成了常住人口192.6萬人的採樣任務。同時，南京市從7月21日開始對全市常住人口、來寧人員開展全員核酸檢測。且全員核酸檢測期間，新冠疫苗接種工作暫停。
目前，南京市已划定10個社區(村居)為中風險地區，其中江寧區9個，溧水區1個。目前，南京市共有封閉小區（村居）34個，其中江寧區29個、溧水區5個，祿口街道繼續確定為封控區域，進行封閉管控，人員只進不出，同時倡導南京市民非必要不離寧，確需離寧的，需持有48小時內核酸檢測陰性證明。
祿口國際機場所屬的東部機場集團今年5月發佈新聞指出，截至5月12日，東部機場集團接種疫苗總人數9251人，接種率達90.9%；其中，南京機場已組織員工集中接種疫苗29次，累計接種5036人，疫苗接種率為90.3%。不過，官方目前尚未披露南京此次出現的新冠感染者是否接種過新冠疫苗。
金冬雁表示，要想維持「清零」目標，只能不斷強化防控措施，比如給一線高風險人群打加強針、強化防護裝備、提高人員警惕性。前述公衛專家認為，下一步，要完成3歲至17歲人群的疫苗接種，要監測人群抗體，加強針必須要打。在他看來，未來追求「零感染」將會變得越來越困難，全民核酸檢測成本也很大。隨著疫苗接種率提高，新冠會變得流感化，國家防疫政策也會相應調整。
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