一九三一年七七事變爆發後的短短一年多，侵華日軍的鐵蹄已蹂躪中國半壁河山，東部沿海城市相繼失陷。
自一九三八年日軍進侵華南後，廣東境內的抗日游擊隊相繼湧現，奮起抗敵。
當時香港作為國際援華物資的補給中轉站，支持國內抗戰。但太平洋戰爭爆發打破了香港的寧靜，為切斷這條重要補給線，進一步隔絕中國外援，日軍於一九四一年十二月突襲香港，面對來勢洶洶的日軍，駐港英軍僅抵抗了十八日便在聖誕節投降，香港宣告淪陷。
1941年12月26日，日軍在港島舉行入城儀式。
其後廣東人民抗日游擊總隊派出武工隊進入新界，開闢香港的抗日戰線，並營救滯港抗日文化人士何香凝、柳亞子、鄒韜奮、茅盾、夏衍、影星胡蝶等往中國內地安全區。
為適應特殊環境便於統一指揮，一九四二年二月三日，廣東人民抗日游擊總隊港九大隊在西貢黃毛應村的教堂宣告成立，及至中國共產黨領導下的東江縱隊於1943年12月正式成立後，已易名的港九獨立大隊便成為其中一個分支，當時共有隊員逾千，大多數為香港新界居民。
西貢黃毛應村教堂。
東江縱隊成立後，全面開展游擊戰爭，積極擴大游擊區，加強部隊的力量。東江縱隊其後轉戰東江兩岸、港九敵後、粵北山區及韓江地區，配合國民政府的抗日部署；又在大鵬灣、大亞灣海域打擊敵人，控制數百里的海岸和通往香港的交通要道；並營救文化人士及國際友人，積極配合盟軍對日的反攻作戰。
而港九獨立大隊組成後，則積極對日軍發動攻勢，包括派遣短槍隊襲擊日軍據點、截擊日軍運輸隊伍，以及伏擊漢奸；又發動「紙彈戰」，到處派發抗日宣傳單張；更與東江縱隊護航大隊互相配合，除保護漁民及海上航道外，又破壞日軍的海上運輸，並以炸藥包、漁炮、手榴彈、短槍等武器攻擊日軍。
「東江縱隊港九獨立大隊」對抗戰勝利作出貢獻。
此外，港九獨立大隊亦與盟軍、英軍服務團等緊密合作，除協助營救大批盟軍及國際友人外，又成立「國際工作小組」，為盟軍提供日軍在港的活動情報，協助盟軍部署對日反攻作戰。
一九四五年八月十五日，日本宣布無條件投降。中共中央要求侵華日軍向中國解放區的抗日軍隊投降，東江縱隊各支隊、大隊緊急動員，向東江兩岸的日軍據點推進及招降，並消滅拒不受降的敵人。
英國則於一九四五年九月一日重新接管香港，港九獨立大隊奉東江縱隊命令撤離，但其後又應英方請求，自發組成自衛隊以協助維持新界治安。及至港府於一九四六年九月重開各區警署後，自衛隊才陸續解散。
烏蛟騰烈士紀念園抗日英烈紀念碑。
位於新界大埔的烏蛟騰村是抗日戰爭期間，東江縱隊港九獨立大隊的重要據點之一。烏蛟騰烈士紀念園矗立著一座抗日英烈紀念碑，紀念在1941至1945年日治香港時期，為保衛香港、對抗日軍侵略而犧牲的港九獨立大隊成員及烏蛟騰村村民。
