有不時往來香港和廣州的乘客指南站不夠方便。
記者乘坐高鐵往廣州南站後，轉乘地鐵前往廣州東站，改以由港鐵營運的九廣通直通車返回香港。記者由廣州南站前往東站，先乘坐地鐵7號線，於漢溪長隆站轉乘3號線，再於體育西路轉乘3號線的分支線，全程大約53分鐘，相約於高鐵由西九龍站往廣州南站的最快列車的車程，但安檢及購買車票時間亦有約12分鐘。而雖然是周日下午，但廣州地鐵人流有如繁忙時間，記者目睹有地鐵在抵站後，因拖着行李的乘客不斷衝門，而導致物件被幕門夾到，最終先後開關門4次始處理好，但已影響列車運行。
有直通車的乘客不會轉坐高鐵。
而在廣州東站，因廣九直通車有專用售票處，排隊時間只需約5分鐘，而處理內地出境及清關手續在十多分鐘便完成。直通車上亦設有免費無線上網，最初使用首半小時，無需微信帳號亦可順利使用，但之後系統就要用戶再以微信帳號登入。另外，由於直通車行李尺寸限制較高鐵寬鬆，而且亦有較多行李架，不少乘客都攜帶較大型的行李，如整套高球桿等，乘務員亦認同直通車對行李大小較有彈性。
有直通車的乘客不會轉坐高鐵。
不少經常來往省港兩地的直通車旅客都表示，南站距離廣州市區甚遠，不會考慮改坐高鐵往廣州。在科大讀書的高先生，家在廣州荔灣區。他指由廣州市區往南站，就算坐的士都要一小時，而且路面交通會有擠塞，不及到東站方便。
港人陸先生每月都會到廣州，他同樣指酒店距東站乘坐地鐵只需15分鐘，但往南站就要一小時。
同樣不時到廣州的港人沈先生就坦言，對曾在紅雨期間出現水浸或車站出現漏水情況等負面消息的高鐵有所保留，「十年之後，或會有更多問題浮現。」他亦認為西九龍站一地兩檢與乘坐直通車兩地兩檢，時間上分別不大。而在車程方面，他說高鐵與直通車因其目的地不同，是兩樣不同的服務，不認為直通車服務會因高鐵開通而減少。
有直通車的乘客不會轉坐高鐵。
在常平上車的黃小姐亦坦言，認為高鐵通車初期未熟習運作時，或會較為混亂，故不會乘坐高鐵，亦指對其安全性有擔憂。
曾在內地乘坐高鐵的麥小姐就坦言，即使高鐵香港段開通後，因票價較高昂，未來即使要乘坐高鐵，亦只會考慮到深圳乘搭，即使可能較方便，亦不會在香港乘搭。
