特區政府表示，與廣東省及深圳市相關部門達成共識，在本月31日除夕夜作出特別通關安排，包括深圳灣口岸的旅客和客車清關服務，由原來凌晨12時關閉，改為通宵服務，即24小時運作；羅湖口岸的旅客清關服務則由原來凌晨12時關閉，延長至翌日凌晨2時，港鐵東鐵綫會相應延長服務時間，由金鐘往羅湖方向的尾班車會延後至凌晨12時56分開出。
在元旦日深圳灣口岸實施24小時通關期間，在凌晨時段只容許持落馬洲或皇崗口岸封閉道路通行許可證的跨境私家車，行走落馬洲/皇崗口岸；至於持有落馬洲/皇崗、深圳灣、文錦渡及沙頭角口岸許可證的跨境私家車，可在凌晨時段使用深圳灣口岸。
另外，政府與跨境巴士服務營辦商安排新增凌晨時段使用深圳灣口岸的服務，亦會繼續加強使用落馬洲/皇崗口岸的服務，包括由市區主要站點，如灣仔、太子、油麻地及佐敦等出發的跨境巴士；以及來往落馬洲新田公共運輸交匯處與落馬洲/皇崗口岸的皇巴和港珠澳大橋金巴。此外，在有需要時會於港珠澳大橋口岸、落馬洲/皇崗及深圳灣口岸等地，設立公共交通專用通道，保障公交服務暢順。
為配合深圳灣口岸在元旦日24小時通關的特別安排，專營巴士營辦商會於深宵時段營運第NB2號和NB3號兩條特別通宵巴士路線，分別提供往返元朗/天水圍和往返屯門的服務。另外，使用當晚通宵服務的港鐵東鐵綫的旅客，在羅湖口岸關閉後，亦可在港鐵上水站乘搭特別開設的第N73號線短程巴士，前往落馬洲新田公共運輸交匯處，換乘皇巴前往深圳。
政府已為過關人流高峰期制定額外預案，包括口岸部門已減少前線人員休假，並從其他口岸抽調額外人員；跨部門聯合指揮中心會實時監察口岸情況及定時向節慶安排跨部門工作小組匯報，並與內地口岸部門保持緊密聯繫，有需要時迅速應變；保安局會適時啟動緊急事故監察及支援中心，密切監察及統籌各口岸的公眾秩序。
