NHK日前播出一套《731部隊真相》記錄片，揭示731部隊活體實驗罪行。在全長約50分鐘的記錄片當中，除了揭露軍方與學者勾結，製造輿論來「合理化」展開細菌實驗，也有軍醫及士兵，談及731部隊如何活體來試驗武器。紀錄片調查指出，細菌實驗研究人才多來自日本高等學府，並由軍方提供研究經費。更有參與研究的學指，一旦拒絕軍部命令就會被逐出師門；只要同情俘虜就被認為不是日本人。
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731部隊在「人體極限」測試之後，將試驗結果「軍事化」，製作鼠疫、霍亂、傷寒三種「細菌武器」，利用俘虜展開試驗。試驗第一種是「直接暴露」，731部隊先將囚犯捆在木樁上，然後由飛機空中投下細菌彈，在囚犯上空中引爆炸彈，令囚犯直接暴露在病菌環境之中。這個模式，早前也在《日本戰犯侵華罪行自供提要》中所提到的完全一樣。另一種是「沾染」試驗，飛機空投細菌彈後，再命令囚犯走過空地，觀察沾染後感染情況。實驗結果是，大部分囚犯都感染發病，四至五人喪生。
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根據紀錄片引述731部隊的士兵回憶，細菌作戰至少在中國使用過三次。他們會將感染了鼠疫的跳蚤釋放到城市中，並且對水井、貯水池等水源投毒，務求令瘟疫擴散。731部隊還向中國軍隊戰俘提供饅頭，內含傷寒菌的液體，他們吃過了後就釋放他們，藉以將傷寒大量擴散。
731部隊中，對於一些試驗中倖存者，軍醫都會救治他們，讓他們活下去，再度投入其他活體試驗。到了太平洋戰爭的尾聲，在監獄中關押的囚犯由高峰3000多人銳減至40至50人。為了銷毀全部證據，防止活口洩露罪行，部隊使用毒氣處決餘下囚犯。
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NHK除了披露京都帝國大學醫學院院長戶田正三曾收受731部隊的石井四郎1000萬日圓（相等於現今的300億日圓）外，亦指出東京大學、京都大學和慶應大學等日本高等學府，都與軍隊簽訂秘密合作協議，包括向731部隊提兵研究員、負責研究項目等，而他們巨額研究經費均由軍方支付。其中單單在1940年，京都大學從日本軍部獲得的經費，高達2億5000萬日元。NHK的記者還在一名曾經配屬於731部隊的老兵的資料中，找到了全部供職於731部隊的醫學研究者名單，其中大部分來自東京大學、京都大學和慶應大學。
早前一篇文章提到在731部隊中負責凍傷試驗的吉村壽人，就是來自京都大學醫學部，也是院長戶田正三的學生，在吉村的回憶錄中提過：「我直接提出拒絕參加試驗，但是院長勸我不要放棄已經進行了很久的研究，一旦我拒絕軍部的命令，他就直接將我逐出師門。」
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在731部隊多達3000多人的組織中，醫學研究者被稱為「技師」，地位相當高。據衛生兵和少年兵的回憶，很多非人性的試驗，都是他們直接下令進行。紀錄片中，也訪問了另一名曾經隸屬於731部隊，當年只有14歲的「少年兵」三角武，指出自己當時的心境：「在那樣的時代，如果我們不這麼做的話，就會被打敗。儘管覺得這些俘虜非常可憐，但是也不能說出口。如果說了同情俘虜之類的話，就會馬上被認為不是日本人。」
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731部隊中，有證據顯示有大量學者參與其中，日本學術界也展開了討論。他們普遍認為軍事研究並不等同於兵器研究，所以科學家參與軍方的研究，在倫理上並不構成「科學家參與了殺人」，並以「原子彈之父」羅伯特·歐本海默做例子。但也有反對意見表示：「歷史上來看，科學家的參與，反而使戰爭越來越殘酷。」
