為紓緩港鐵車廂迫爆問題，港鐵於2015年投放33億元分階段更換7線信號系統，以加密班次；然而2019年荃灣線發生嚴重事故，列車於試行信號系統期間相撞，影響更新市區線的信號系統工程大落後。港鐵向立法會提交最新文件透露，各線的更換工程均須延遲一至兩年完成，其中最遲完成的將軍澳線，料須於2028至2029年才完成。
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另外，新信號系統原訂設有3套電腦系統，即是在正、副系統之外，再設一個備用系統，但發生意外後，機電署調查報告曾指，系統過於複雜。港鐵於文件承認，檢查和修正的技術工作複雜程度較預期大，故改為採用承辦商的「核心標準產品及配置」，原本特設的備用電腦系統棄用。
2015年港鐵投放33億元分階段更換7線信號系統，包括荃灣線、港島線、觀塘線、將軍澳線、迪士尼線、東涌線及機場快線。
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港鐵指，在2019年的列車相撞意外後，一直全力檢查軟件和修正，然而工作牽涉範圍甚廣，技術複雜程度亦較預期大，工作進度一直落後。
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由於軟件重構及修正工作出現嚴重延誤，港鐵決定調整信號系統軟件工程方案，「終止耗時且複雜的軟件重構及修正工作」，改為採用承辦商的「核心標準產品及配置」，包括信號系統的關鍵功能，例如安全防護保障設計、列車運作、班次安排及密度、遇到故障時的主要修復程序，以及乘客資訊系統等。
至於何時完成更換系統，港鐵指預料荃灣線會於2025至2026年投入服務，即由決定更換至完成第一條線的工程，一共需至少十年才完成。港島線方面，預料為2026至2027年完成；觀塘線則為2027至2028年；將軍澳線為2028至2029年，四線均較2020年中的預測延遲一至兩年。
港鐵市區線新信號系統較預期複雜，更換工程再延遲一至兩年。資料圖片
