機場第三條跑道的環評報告，被環團評擊未充份考慮對中華白海豚的影響。機管局邀請的國際鯨豚專家引用美國例子，解釋受工程影響的海豚待環境改善後，均會返回原居地，因此對中華白海豚日後返回大嶼山以北水域棲身，感到樂觀。
曾協助機管局評估白海豚生態的國際鯨豚專家Bernd Wursig表示，海豚的生活範圍相當廣闊，不是只局限於「三跑」工程水域，他相信施工期間，白海豚會遷移到大嶼山以西沙洲、龍鼓洲水域，甚至轉到珠江一帶棲息，而區內亦無殺人鯨、大鯊魚等天敵，估計白海豚可以適應。
鯨豚專家Bernd Wursig (網上圖片)
他舉例，上世紀30至80年代，居住在美國三藩市灣的瓶鼻海豚，因受當地的挖海床、爆破及軍事建設等工程影響，一度絕跡該海灣。但90年代當地環保條例逐步收緊，三藩市灣的水質及環境大幅改善，瓶鼻海豚再次回歸。
而美國德州的加爾維斯敦海灣，上世紀初瓶鼻海豚為避開興建人工島而離開，但工程一完結即返回當地居住。Bernd對「三跑」工程完結後，中華白海豚返回大嶼山北部感樂觀。
他認為，「三跑」工程須妥善控制噪音，及限制區內船速，有助保護白海豚。而根據白海豚在沙洲、龍鼓洲海岸公園出沒的例子，推斷日後機場以北的海岸公園亦會成功。而過去10多年，本港水域白海豚減少有很多原因，不能全部歸咎於「三跑」工程。
機場管理局策略規劃及發展總經理閻宇明，則反駁前天文台長林超英指毋須建「三跑」的講法。她稱，林超英引用的「新機場總綱」是92年製訂，當中預測本港2040年以37萬架次接載8700萬旅客，是基於當時估計日後會出現載客量達900人的超級珍寶客機。
但92年至今，機場策略已經歷多次修改，目前按全球主流客機的容量，香港機場目前平均每班航機僅載客150多人，因此估計到2030年要用60.7萬架次，才能處理1億旅客，有必要興建「三跑」。
