布魯克公司（Nasdaq: BRKR）今日在2026年人類蛋白質組學組織世界大會上，公布全新timsUltra AIP及timsOmni工作流程，旨在實現更深入的蛋白質序列覆蓋、靶向驗證、流動性分辨糖肽表徵、結構蛋白質組學及寡核苷酸分析。多酶dia-PASEF為異構體及蛋白質異構體研究提供額外肽信息，而ProteoScape工作流程則將PASEF發現與同一timsTOF平台上的prm-PASEF靶向驗證連接起來。嶄新的timsOmni及整合式HDX-MS工作流程，將結構分析擴展至糖肽、蛋白質及核酸。
布魯克總裁兼行政總裁法蘭克·H·勞基恩表示：「我們正結合蛋白質組深度、翻譯後修飾（PTMs）、蛋白質異構體、蛋白質相互作用，以及構象與空間背景，以提供更豐富的多模式訓練數據，用於下一代生物人工智能模型。這些互補的分子維度，可透過與生物功能緊密相關的資訊，擴展現有藥物發現及作用機制模型，有助於在後基因組時代更快地推進分子醫學。」
布魯克與Affipro Analytics整合HDX-MS工作流程，用於結構蛋白質組學 AP圖片
A. MultiDIA-PASEF工作流程進一步增加序列覆蓋率，實現更深入的蛋白質異構體表徵
一種嶄新的多酶方法，將互補蛋白酶消化與timsUltra AIP超高靈敏度質譜儀上的dia-PASEF結合。在柏金遜症腦樣本中，每個樣本產生約35萬個肽。對互補消化物的分析，提供了約14,500種蛋白質異構體，對應超逾10,000種典型蛋白質。透過增加蛋白質序列覆蓋率，該工作流程揭示了單酶質譜蛋白質組學或親和力方法中遺漏的異構體、序列變體及蛋白質區域的肽證據。
從發現到驗證的靶向工作流程 AP圖片
東北大學生物工程傑出教授兼Parallel Squared Technology Institute創始總監尼古拉·斯拉沃夫教授指出：「深入的序列覆蓋對於理解蛋白質異構體生物學至關重要。透過將互補蛋白酶消化與靈敏的dia-PASEF結合，我們可改善肽覆蓋率，並更自信、詳細地觀察到原本隱藏的異構體及蛋白質異構體。」
B. 從發現到驗證連接dia-PASEF發現與prm-PASEF驗證
布魯克ProteoScape現已提供從dda-PASEF、diagonal-PASEF及dia-PASEF發現，到prm-PASEF靶向驗證的直接路徑。研究人員可將發現轉化為prm-PASEF靶點列表，並從發現研究轉向蛋白質、通路及生物標誌物的靶向分析。
南佛羅里達大學史丹利·史蒂文斯二世教授解釋：「我們與布魯克共同開發了自動化工作流程，連接發現蛋白質組學與靶向分析。透過簡化及加速方法開發，這有助於實現更精確的定量，將複雜的蛋白質組學數據轉化為可操作的生物學見解。」
C. 人工智能遷移學習加速Spectronaut®適應質譜功能
Spectronaut v21提供一個人工智能分析環境，可動態適應新的質譜功能及採集方法。現代4D蛋白質組學以多維特徵圖表示，包括前體、碎片、保留時間及離子淌度。透過先進的遷移學習，Spectronaut可動態調整其人工智能模型，以適應新的採集模式及儀器功能，而無需重新開發模型。
Biognosys的泰賈斯·甘地博士表示：「新的採集模式及儀器配置現已可用，而無需等待大量訓練數據集生成。Spectronaut的遷移學習可隨着新質譜技術及方法的推出，迅速加速人工智能模型的適應。」
D. Guided PASEF EXciD實現高速、流動性分辨糖肽表徵
布魯克正透過Guided PASEF EXciD推進糖蛋白質組學，這是一個用於快速、選擇性電子碎裂的timsOmni工作流程。該方法以超逾30赫茲的頻率運行，在採集過程中識別診斷性聚醣氧鎓離子，並將EXD或EXciD碎裂引導至選定的糖肽前體。該工作流程保留了TIMS分離，以實現離子淌度分辨糖肽表徵。
密歇根大學病理學助理教授丹尼爾·波拉斯基指出：「糖蛋白質組學的一個主要挑戰，是將互補肽及聚醣碎片信息轉化為可靠、具生物學意義的見解。透過將智能捕獲eXd與FragPipe中的自動化分析結合，研究人員可輕鬆表徵複雜生物樣本中的位點特異性糖基化及聚醣結構多樣性。」
E. 布魯克與Affipro Analytics整合HDX-MS工作流程，用於結構蛋白質組學
布魯克與Affipro Analytics宣布達成一項聯合營銷及開發協議，旨在整合氫氘交換質譜工作流程。該解決方案結合了Affipro HDX-MS自動化、布魯克HyStar控制及Affipro DeutEx分析軟件，以連接實驗設置、液相色譜-質譜控制，從而獲取分子相互作用、構象動力學及蛋白質結構見解。
Affipro Analytics聯合創始人兼捷克科學院微生物學研究所結構生物學及細胞信號傳導組組長彼得·諾瓦克博士評論：「透過將Affipro的工作流程專業知識與TIMS分離結合，我們以更高通量提供更多結構信息，以加速人工智能輔助藥物發現及結構生物學。」
F. timsOmni上的EDD-MS³實現完整寡核苷酸覆蓋及天然RNA分析
日內瓦大學的瓦萊麗·加貝利卡透過電子脫附解離（EDD）及Omnitrap MS³工作流程的獨特功能，在timsOmni™上實現了突破性核酸分析，對RNA及DNA寡核苷酸實現了完整的序列覆蓋。將EDD與振動活化共振CID結合，可實現RNA及DNA寡核苷酸的完整序列覆蓋，例如在反義藥物Fomivirsen上。
折疊RNA結構的天然自上而下分析，可在單一實驗中定位受保護域及可及區域。Omnitrap可提供更溫和的活化及結構信息自由基碎片的保留。總體而言，這些功能將timsOmni工作流程擴展至寡核苷酸表徵及天然RNA結構生物學。
關於布魯克公司 – 後基因組時代的領導者（Nasdaq: BRKR）
布魯克正協助科學家及工程師取得突破性後基因組發現，並開發改善人類生活質素的新應用。布魯克的高性能科學儀器及高價值分析與診斷解決方案，使科學家能夠在分子、細胞及微觀層面探索生命及物質。布魯克與客戶緊密合作，在後基因組生命科學分子及細胞生物學研究、應用及生物製藥應用、顯微鏡及納米分析、工業及潔淨技術研究，以及支援人工智能的下一代半導體計量學方面，實現創新、提高生產力及客戶成功。布魯克提供差異化、高價值的生命科學及診斷系統與解決方案，涵蓋臨床前影像、臨床表型組學研究、蛋白質組學及多組學、空間及單細胞生物學、功能結構及凝聚體生物學，以及臨床微生物學及分子診斷。如欲了解更多資訊，請瀏覽www.bruker.com。
（美聯社）
