1971年「九一三事件」後，劉西堯聽周恩來說起過這件事。他在《「文革」中我給周恩來當聯絡員》的回憶文章中寫道：“‘九一三事件’後，我聽周總理說，在1966年通過《五 ·一六通知》的政治局會議上，針對陸定一的妻子嚴慰冰對葉群的指責，林彪竟提出要政治局通過決議，說葉群在和林彪結婚前是處女，被政治局多數成員否決。林彪叛逃後，周總理提起此事講，一個共產黨員提出這樣的問題，簡直是荒唐。當時他感到很驚訝！”
1966年8月1日至12日，中共八屆十一中全會在北京召開。全會通過的《關於無產階級「文化大革命」的決定》，簡稱《十六條》，是全面開展「文化大革命」的又一個綱領性文件。毛澤東主持全會，鄧小平宣佈全會議程，劉少奇做工作報告。報告後半部分著重講「文化大革命」 發動以來的工作，對派工作組問題作自我批評。毛澤東插話批評說：“工作組不管怎麼樣是做了壞事”，“起了一個鎮壓群眾、阻礙群眾的作用，起了個壞作用”。8月2日，周恩來在全會講話，對派工作組問題主動承擔責任。他說：
「從十中全會以後到現在，一切重大決定都是毛主席親自製定的。這次文化大革命，聶元梓等七人的大字報是毛主席親自批登《人民日報》的。這一登，整個文化大革命就轟開了。這次決定撤銷工作組，也是毛主席回北京後親自決策的。這次文化大革命是史無前例。」
「對工作組的問題，留在北京工作的我們幾個人都要負責，要替北京市負起更多責任來。主席一號說百分之九十的工作組都犯了方向性的錯誤，而我們直到主席回來，彙報的時候，還主張工作組不撤。投身到戰鬥中免不了犯大錯誤，我就犯過大錯誤，現在過問這個事情一定也要犯錯誤。要做這個精神準備，犯錯誤就改。要能夠聽不同的意見，多方面的意見來比較，如果自己想得不對，請教於群眾，請教於主席，請教於中央。大家來想，總會做得好些。」
8月4日，在中共中央政治局常委擴大會上，毛澤東嚴厲批評主持中央「一線」工作的同志。他說：“現在共產黨也鎮壓學生運動。”“講客氣一點，是方向性錯誤，實際上是站在資產階級立場，反對無產階級革命。”“這次會議要解決問題，否則很危險。”他還不指名地批評劉少奇說：“我是沒有下去蹲點的。有人越蹲點越站在資產階級方面反對無產階級。” 劉少奇承擔責任說：“這段時間，主席不在京，我在北京主持工作，我負主要責任。”毛澤東接著說：“你在北京專政嘛，專得好！”
在葉劍英講到我們有幾百萬人民解放軍，不怕什麼牛鬼蛇神時，毛澤東聲色俱厲地說：「牛鬼蛇神，在座的就有！」由此可見，會議氣氛緊張到了何等程度。
8月5日，毛澤東寫了《炮打司令部——我的一張大字報》，措辭嚴厲地指出：「站在反動的資產階級立場，實行資產階級專政，將無產階級轟轟烈烈的文化大革命運動打下去。」“聯繫到1962年的右傾和1964年形‘左’而實右的錯誤傾向，豈不是可以發人深省的嗎？”毛澤東這張不指名指責劉少奇等同志的大字報，第一次把中共中央核心領導的分歧公之於眾，並且上綱到驚人的高度。
在批判劉少奇、鄧小平的中央政治局生活會上，周恩來一言未發
根據毛澤東的提議，全會決定改組中共中央政治局常委會，劉少奇由常委會第二名降為第七名。直到這時，周恩來才明白毛澤東在《五·一六通知》中加寫的「資產階級代表人物」、 “赫魯曉夫那樣的人物”所指的是誰。在會議期間，他兩次對廖漢生說，“現在毛主席已下了決心”。後來，1984年2月18日，廖漢生回憶說：
「周總理說：毛主席下了決心，寫了《我的一張大字報》，晚上把我叫去，交給我，讓我向大會傳達，後又收回去了。第二天晚上，又把我找去，再把《我的一張大字報》交給我。現在毛主席已下了決心，要改組政治局常委。」
毛澤東《炮打司令部——我的一張大字報》發表後，在中共中央政治局生活會上，對批判劉少奇、鄧小平，周恩來和陶鑄「很不理解」，始終沒有發言。據陶鑄的夫人曾志在《陶鑄與中央文革決裂的內幕》一文披露：
「十一中全會上，主席主持召開了好幾次政治局的生活會，目的是批判少奇和小平同志。會前，江青私下找陶鑄進行佈置。陶鑄說：‘江青要我在會上打頭陣，要我向劉、鄧放炮，我對她說，我剛來中央，對情況一點不了解。結果打頭陣的是謝富治。開了幾次生活會，最後只有我和總理沒有發言。’」
「文化大革命這種前進的速度、廣度和深度」，“包括我自己在內，都沒有足夠的精神準備”。
中共八屆十一中全會後，「紅衛兵運動」迅猛興起，“革命造反”的狂潮一浪高過一浪。周恩來講到他當時對「文化大革命」的認識時，多次表示自己的思想“跟不上形勢的發展” 。他說過：自己雖然幹了幾十年革命工作，但就「文化大革命」這個新生事物來說，在許多地方還不如年輕人那樣思想解放，那樣敢說敢闖，沒有條條框框。1966年8月18日，周恩來會見越南總理范文同時，袒露過這種“跟不上，但要爭取跟進”的心態。他說：
「新的革命運動，我們這些老革命就不熟悉了，變成‘保守派’。我們跟主席一道工作，有時毛澤東思想紅旗舉得不高，錯誤是經常要犯的，當然不是站在對立的立場上。我們要保持晚節，就是緊跟毛主席不掉隊，在‘文化大革命’中經受住考驗。」
周恩來的這番話並非客套，而是他當時的真實思想和態度。後來，在許多講話中還談到對「 文革」的認識問題。1966年10月28日，他在中共中央工作會議上說過：“說老實話，做夢也沒有想到這樣的一個大局面。”在談到「文革」運動的時間安排時，反映了他希望「文革」 早日結束。他提出：“可不可以設想一個時間表，大區、省、市、自治區一級能不能在春節以前使機關的運動告一段落，中央各部、各口子在春節以前告一段落。”這個時間表反映了周恩來當時對「文革」確實還「很不理解」。
後來，12月19日，周恩來在中央負責人集體接見外地來京師生和紅衛兵的大會上，還談到自己對「文革」沒有“精神準備”。他說：
「文化大革命這種前進的速度、廣度和深度，都不是我們原來所能料到的。我們大家，包括我自己在內，都沒有足夠的精神準備。就是說，沒有能夠完全預料到。」
直到1968年9月14日，接見首都工人、解放軍毛澤東思想宣傳隊，在談到對「文化大革命」 的認識時，周恩來還說過他對「文化大革命」不理解。他坦誠地說：“說老實話，我對無產階級‘文化大革命’，初期也不是很理解，沒有想到今天這樣的局面。”
對於周恩來在「文革」期間的處境和心境，當時同周恩來接觸較多的谷牧深有體會。他在《回憶敬愛的周總理》的文章中寫道：
「對於‘文化大革命’，在運動初期，黨內絕大多數高級領導幹部都處於一種‘很不理解’ 、‘很不得力’的狀態，我們這些人都是如此。我體會，包括周總理和少奇同志幾位中央主要領導同志，他們也是在一種很不自覺的情況下被捲入這場政治風暴中去的，他們也是在憑著自己的認識看問題，憑著自己的經驗幹事情，憑著自己的責任感做工作。他們的思想和肩上的擔子都是沉重的。周總理作為當時中央的主要領導人之一，對於毛主席為首的黨中央作出的決定，是必須貫徹執行的。所以，無論是同我們這些人談話，或公開對群眾談話，他總是講要‘加深理解’、‘跟上形勢’。但是，‘文革’究竟要幹什麼？怎麼搞法？將來的發展是個什麼結局？他也搞不太清楚。」
對「文化大革命」，力求“加深理解，跟上形勢”
周恩來沒有參與毛澤東親自發動和領導的「文化大革命」的醞釀準備工作，對許多事情並不知情，因而缺乏思想準備。但是，當時他沒有懷疑毛澤東發動「文革」的初衷是“反修防修，防止資本主義復辟”。現在看來，當時，毛澤東、周恩來等中央領導同志對“修正主義” 和“資本主義復辟”的理解是含混不清、不準確的；而且他們對當時中國國情的估計也是不切實際的。長期以來，周恩來對毛澤東是尊重和信賴的，認為毛澤東總是站得高、看得遠、想得深，即使在一些問題上出現不同意見，總是要求自己從積極方面去理解，去跟進。因此，他對毛澤東親自發動和領導的「文化大革命」，總體上表示擁護，并力求“加深理解，跟上形勢”。
「文革」初期，周恩來根據當時對毛澤東親自發動和領導「文化大革命」的初衷的理解和認識，總體上是擁護和支持的，在國內外講話中多次表示過。1966年6月27日，他在阿爾巴尼亞地拉那群眾大會上說：
「在社會主義國家裏，如何防止修正主義篡奪黨和國家的領導權，如何防止資本主義復辟，不斷鞏固和發展社會主義，還沒有一套完整的經驗。這幾年來，我們黨根據毛澤東同志的教導，採取了一系列根本性的措施，來避免修正主義篡奪領導，防止資本主義復辟。最近幾個月來，我國轟轟烈烈展開的文化大革命，是意識形態領域內的一場十分激烈的階級鬥爭」， “歸根到底，是一場復辟與反覆辟的鬥爭”。“這一場挖修正主義根子的鬥爭，將進一步鞏固我國的無產階級專政。”
如果說，《五·一六通知》是從理論上全面發動「文革」的一個重要標誌，那麼，中共八屆十一中全會通過的《關於無產階級文化大革命的決定》，簡稱《十六條》，以及毛澤東《炮打司令部——我的一張大字報》和他《給清華大學附屬中學紅衛兵的信》，則是在實踐上全面發動「文革」的重要標誌。中共八屆十一中全會公報一發表，從北京到全國各地立即掀起了「文革」狂飆。
隨後，8月18日，毛澤東在天安門接見北京市大中學校的紅衛兵，同首都百萬群眾共慶「文革」的開展，進一步震動了全國。劉少奇、鄧小平和其他中央政治局常委都出席了這次群眾大會，並在大會主席台上按中共八屆十一中全會改組的結果排列順序，劉少奇降為常委中的第七位，公佈了中共中央高層的重大人事變動。
「八·一八」大會使廣大紅衛兵受到極大鼓舞，成為「文革」的急先鋒。「紅衛兵運動」的興起，大批以“紅五類”出身為主體的大中學生，衝出校園，走向社會，把「文革」狂飆進一步刮向全國各地。他們以破“四舊”為名，到處抄家，搗毀文物，更改街名，揪斗老師、領導幹部、愛國民主人士和高級知識分子，肆無忌憚地進行侮辱、打罵，甚至任意誣衊一些領導幹部是“黑幫”，誣衊一些專家學者是“反動學術權威”，誣衊一些教師是“牛鬼蛇神 ”，誣衊一些群眾是“黑五類”，致使許多人或被打致傷、致死，或被“掃地出門”。
對於「紅衛兵運動」中出現的種種違反黨和國家政策、法律、制度的惡劣行為，及其造成的駭人聽聞的罪惡事件，周恩來憂心忡忡，困惑不解。1966年8月22日，他在清華大學全校師生員工大會上講話時，就表露過當時的這種心情。他不解地說：“八月八日的《決定》（指《十六條》。——引者注）現在公佈十四天了，你們正在學習。為什麼還有隔閡呢？就是因為有許多問題不清楚。有許多問題我們也不清楚。拿我來說，就很不清楚。”
主持制訂對「文革」的限制性政策
「文化大革命」狂飆興起時，雖然周恩來是在沒有思想準備的情況下被動捲入的，但他對毛澤東親自發動和領導的這場“革命”，力求理解，爭取跟進，並對「文革」中出現的種種違法亂紀行為，制定一些相關的政策、措施，加以約束和限制。當時，極左思潮和極左行為泛濫，林彪、江青一夥為了亂中篡權，惟恐天下不亂。在這種極度動亂的局勢下，對 「文革」加以約束和限制往往阻力重重，但周恩來為此傾注了大量心血和智慧，以儘可能減少「文革」造成的破壞和損失。
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