1938年底，經歷了淞滬、武漢等投入兵力近百萬的大會戰後，國民政府損失了大量的人員與裝備，陸軍兵員不及原編製的一半，海軍和空軍則幾乎傷亡殆盡。
此時，受共產黨部隊敵後游擊戰的啟發和鼓勵，蔣介石考慮執行新的抗戰策略——游擊戰與正規戰配合。
1938年11月底，蔣介石在國民政府軍事委員會召開的會議上明確提出：「游擊戰重於正規戰」
1938年11月底，國民政府軍事委員會在湖南南嶽召開軍事會議。會上，蔣介石明確提出：「政治重於軍事，游擊戰重於正規戰。」並要求：全國部隊三分之一兵力配備在游擊區域——在敵軍的後方打游擊；三分之一佈置在前方，對敵抗戰；三分之一到後方整訓。此外，還在敵後專門設立了冀察、魯蘇兩個游擊戰區。
1939年1月7日，蔣介石指示國軍各戰區軍事長官：「應以一部增強被敵佔領地區內力量，積極展開廣大游擊戰，以牽制消耗敵人」，且按戰區具體狀況逐一指示方針，如：“第九戰區應以有力一部向武漢及沿江各要點游擊，並保持九宮山游擊根據地，不斷襲敵後方”，等等。
1939年4月葉劍英等在湖南省南嶽幹部訓練班時的合影。前排左四為葉劍英，前排左三為李濤，前排左五為邊章五。
1939年1月24日，國民政府成立南嶽游擊幹部訓練班，蔣介石親自擔任主任，白崇禧、陳誠擔任副主任。學員來自各戰區部隊營長以上軍官和高級司令部的中級參謀人員，結業後回原部隊辦班訓練連、排長等基層軍事骨幹，編組游擊隊，到敵人的側面和後方去開展游擊戰爭。
由於共產黨是公認的游擊戰專家，所以訓練班專門邀請共產黨員來講解游擊戰術。當時，葉劍英擔任了訓練班的副教育長，帶領共產黨幹部30多人參加籌建和教學工作，編寫教材、備課、試講。
在蔣介石對「游擊戰」的重視之下，國民黨部隊建立了一些敵後抗日根據地，但戰績卻十分糟
在蔣介石對「游擊戰」的重視之下，最高峰時，敵後戰場的國民黨部隊達到了近60個師，再加上大量地方武裝，兵力接近100萬。
據不完全統計，國民黨軍在敵後戰場的主要抗日根據地包括：太行山東南部根據地，中條山根據地，呂梁山根據地，五台山根據地，恆山根據地，魯東南與沂蒙山、日照山根據地，大別山根據地，浙西根據地，皖東、皖北和鄂東根據地，海南根據地等。
然而，國民黨部隊的這些敵後抗日根據地，戰績卻十分糟糕，在日軍的進攻下連連敗退、損兵折將。比如，中條山戰役。1941年5月上旬至6月上旬，日軍進攻中條山根據地，只用35個小時便完成了外側包圍圈，只用40個小時完成了內側包圍圈，實現了對近20萬國民黨軍隊的雙重合圍。前後不過30天的時間，中條山根據地陷落。
據日方統計，中國軍隊此役被俘3.5萬人，遺棄屍體約4.2萬具，日軍戰死僅679名，負傷2292名，傷亡不足中國軍隊的1/12。蔣介石稱此役為「抗戰史上最大之恥辱」。到1943年左右，國民黨在華北的敵後根據地基本上都丟掉了。
1944年6月22日，時任第十八集團軍參謀長葉劍英在與中外記者參觀團談話時說：「總計開到華北、華中敵後戰場的國民黨軍隊，原來不下一百萬（一九四一年中條山戰役時期的統計，華北約有八十萬，華中約有二十萬），由於政策錯誤和受不了艱苦磨練，絕大部分被敵人消滅或投降了敵人，留在原地的及撤回後方的為數甚少。」
堅持在敵後的總共不過2萬至3萬人。更令人無語的是，在國民黨敵後抗戰隊伍中出現了「降官如毛、降將如潮」的醜惡局面。其中，龐炳勛、孫殿英、孫良誠、公秉藩、吳化文、李長江、王勁哉等都是上將與中將級人物。在他們的帶領下，數十萬國軍先後投降當了偽軍。
同樣是開展敵後游擊戰，中共領導的抗日根據地與國民黨領導下的根據地何以如此大相逕庭
相反，中共領導下的敵後根據地，卻從只有不過150萬人口的陝甘寧邊區迅速擴展到十多個省；武裝力量也從最初的數萬人，發展到近百萬。同樣是開展敵後游擊戰，同樣是經營敵後抗日根據地，何以如此大相逕庭？
對於打好游擊戰，共產黨、國民黨的高級將領都有過論述。朱德在抗戰初期的《論抗日游擊戰爭》一文中指出：「抗日游擊戰爭主要的是政治戰爭。」“政治戰爭的要點，第一，在整頓內部，除去內部隊員中不正確的觀念和壞的習慣行為，求得游擊隊本身鋼鐵一般的團結，無論如何不會瓦解，任何的風浪都能經得住，吃得起……政治戰爭的第二個要點，是以群眾為堡壘，把群眾團結在自己周圍……政治戰爭的第三個要點，是瓦解敵軍。”白崇禧也曾經說過這樣一段話：“有人認為打游擊乃保存實力之作法，殊不知敵後游擊，任務極為艱巨，因補給困難，且多半以寡抵眾，以弱抵強，故必須官兵加倍淬厲奮發，機警勇敢，絕非保存實力者所能勝任。”
然而，國、共兩黨領導下的敵後游擊戰的實際表現卻大不相同，這一點從日軍的評價中可見端倪。
日軍有一份評估報告稱，國民黨游擊隊有五大弱點：「（一）各游擊隊常互爭地盤，自相火拚；（二）缺乏大員統率，彼此不能密切聯繫，易於各個擊破；（三）缺乏優良武器，不能作陣地戰；（四）正規游擊隊雖破壞力強，但對人民濫施權威，致不得民眾之信仰；（五）非正規之游擊隊分子複雜，大多為土匪散兵結構而成，戰鬥力既不強且領導者俱是匪首流氓，甚少有國家觀念，易以利相誘。」
而對共產黨的評價卻是：「中共是有鐵的紀律的黨組織，以黨為核心團結軍、政、民進行所謂四位一體的活動……它以‘七分政治，三分軍事’的方針，將抗日戰變為政治戰，在建設解放區的同時，鼓動民眾廣泛開展‘游擊隊’活動……至1941年，方面軍（才）覺察到中共存在的可怕。」
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國共合作時期抗日游擊幹部訓練班，中共派幹部擔任教官
1938年10月，蔣介石在武漢召開的高級將領緊急軍事會議上說：「吾人慾驅逐敵人，消滅敵人則必須利用游擊戰，擾亂敵人之後方，而牽制其行動，破壞敵人運輸交通，而減少其力量，以協助正規軍之作戰。」緊接著，國民政府軍事委員會於11月在南嶽召開緊急軍事會議。會議確定以南嶽為大本營，以國民政府軍事委員會的名義，創辦抗日游擊幹部訓練班。
為了儘快辦成此事，國民黨政府嚮應邀參加會議的周恩來、葉劍英陳詞，並向中共中央打電報，請求派幹部到訓練班擔任教官。中共中央討論了這個問題，認為是有利於團結抗戰的措施，決定派人去。毛澤東說：「去吧，去講我們的一篇道理。」於是，經中共中央研究決定，組成了一個三十多人的班子，對外稱“中國共產黨代表團”，即赴南嶽。代表團由葉劍英擔任團長（後為李濤），教官有李濤、邊章五、吳奚如、薛子正等。李濤在幹部訓練班任政治教官，教授毛澤東的《論持久戰》、中國共產黨的抗日主張及如何做群眾工作等課程。
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